ブログさぼっている間に、dbESTが更新されました。dbEST release 121506 Summary by Organism - December 15, 2006 Number of public entries: 40,227,012激しい３位争いを制した生物種は、今回は、Bos taurus (cattle)。前回は、Riceだったのになぁーー。デ…

病原微生物のNocardia brasiliensis （ノカルジア ブラシリエンス）が生産する天然化合物「ブラシリカルジンA」という物質は、臓器移植の際の免疫抑制剤として、すでに使用されているものよりも、低濃度で免疫拒絶反応の初期段階をおさえるという報告がある…

MouseもRatも、配列数やクラスタ数に大きな変化はみられませんでした。特徴的なのは、マウスはクラスタがわずかではあるけれど、減少方向に向かっていること。Ratは、おそらく計算間違っているのではないかと思いますが、クラスタが３万も増えているというこ…

この交流会は、「ちゅうごく産業創造センター」と「中国地域バイオ産業推進協議会」及び「中国地域産業クラスターフォーラム」の協賛で開かれたもので、今回のテーマは、医工連携がテーマのようでした。広島大学と岡山大学の先生が数名お話をされました。わ…

ちょっと目を離している間に、dbESTのサマリーが更新されていました。３位争いは、RiceとMaizeの激しい戦いが続いています。牛もかなりきてますね。dbEST release 111006 Summary by Organism - November 10, 2006 Number of public entries: 39,790,429蓄積…

中国地域バイオ産業推進協議会と中国経済産業局が中心となって組織された「中国地域産業クラスターフォーラム」との共済で、中国地方でのバイオ研究の取り組みのご紹介をしていただく交流会のようです。以前から、広島大学の先生や中国経済産業局等々、お世…

日本分子生物学会２００６フォーラム「分子生物の未来」に企業展示します。もし、フォーラムに参加されるようでしたら、是非、ブースにお立ち寄りください。わたしも立っていると思います。また、ブログの記事も、展示会までには、日々の実験をスムーズに進…

では、もっともメジャーなABO遺伝子の転写物クラスタであるクラスタ番号#9の様子を見てみましょう。（図２）

ABO遺伝子のゲノムマップ状態をみてみました。（図１）

まずは、肥満遺伝子の定義ですが、宇都宮大学の農学部のページに簡単に解説されていました。http://agri.mine.utsunomiya-u.ac.jp/hpj/deptj/anij/animal/TOPICS/!OBGENE.HTM「肥満遺伝子とは、肥満を起こす遺伝子ではなく、肥満を防ぐ遺伝子」であり「肥満…

11月1日の日経産業新聞に、中外製薬がトポイソメラーゼⅠという酵素の阻害剤を抗がん剤として開発し、英国で治験に入ったという記事が掲載されていました。すでに既存のトポイソメラーザⅠの阻害剤が抗がん剤として世に出回っているのですが、それよりも、中外…

平成１８年１０月２７日（金）に、安倍総理を迎えて、第６０回の総合科学技術会議が開かれました。この総合科学技術会議では、平成１９年度の科学技術に関する重点課題と予算配分の方向性が決定されました。また、独立行政法人、国立大学法人の評価データも…

FGFR1にクラスタリングされている転写産物をゲノムにマップし、転写産物の種類ごとに、5'端と”思われる”箇所に、赤い縦線を引いてみました。(図１）

クラスタ数等、大きな変化はなかったようですが、

UniGeneへの登録配列数は、約350ほど増えており、それほどドラスティックな配列の増加ではありませんでした。

2006.12.20 dbESTが更新されたことを発見しました。 dbEST release 121506 - December 15, 2006 Number of public entries: 40,227,012 UniGene Mouse,Rat,Dog,Rice が更新されました。 dbESTが release 111706 - November 17, 2006 にビルドアップされまし…

昨日は、結局転写配列に関する現場の問題点を明らかにするだけで、ひとつひとつの問題に対する解決案も示さずに、終わってしまいました。今日は、プロテオームについて、わたしたちが現場の先生からお聞きしている問題点をいくつかご紹介します。

わたしは、実際に試験管を振るわけではないので、バイオテクノロジの現場で本当になにが問題になっているのかを知ることはできません。しかしながら、バイオテクノロジーの分野にコンピュータ技術でサービスを提供していく我々は、蓄積されて公開されている…

LETM2のサブクラスタ#7について、(A)richな部分があるかどうか調べてみました。1箇所確かに(A)richな部分があり、そこからcDNA合成が始まったように見える配列もありましたが、その領域をまたいでさらに3'方向に伸びているBF196953があり、そのゲノムアライ…

(A)richでしたが・・・ 里山さんのコメントに従って、FFGFR1とLETM2の境界領域の変な転写産物クラスタのゲノム領域が(A)richではないかどうか確かめてみました。(A)richでした。で、この領域の転写配列は、コンタミしたゲノム配列を(A)richな領域から逆転写…

先々週、先週とあまりTVも見ずに、仕事一筋だったわたしは、ノーベル賞を誰がもらったかも、はっきりと知らずに、すごしてしまったので、この３連休は、ゆっくりノーベル賞特集があるだろうと思って楽しみにしていたのですが、まったく、ノーベル賞の話題に…

第2回オミックス医療シンポジウム／第3回ゲノム医療情報シンポジウム 横浜まで湘南新宿ラインで３０分弱、便利になりました。横浜パシフィコのアネックスで開かれていたのですが、なかなか盛況でした。一昨日、non-codingRNAのセミナーにいってきて、RNAワー…

先日の「non-codingRNAの機能解析とその応用」というセミナーで、簡単に紹介されていた”microRNAが５万７千ある”という話の出所の論文は、これかもしれません。 PNAS | April 25, 2006 | vol. 103 | no. 17 | 6605-6610

日時：2006年10月3日 場所：全共連ビル本館（４F） 主催：ダイアローグ株式会社 多種類のmicroRNAが発現し、細胞内のルームキーピングの役割を果たしている いくつかの発表に中で、もっとも感動したのは、microRNAの数の話でした。わたしの理解が間違ってい…

遺伝子というのは、なんらかの形質を子孫に伝えるための基となる１要素情報が塩基の並びとしてコードされているゲノム上の領域を指していると、わたしは考えています。簡単にいうと、ひとつの蛋白質のアミノ酸配列情報が格納されているDNA上の塩基配列領域と…

FGFR1とLETM2よく見てみると、オーバーローカスOverLocusしていませんでした。（本当にオーバーローカスしていない？？）

日本応用糖質科学会とNPO法人日本バイオベンチャー推進協会のベンチャー交流会のご報告です。

今週、来週と展示やプレゼンで、忙しくなりそうです。 まだ、PowerPoint全然作ってないものもあるので、やばいです。。。

動物や植物などのmRNAは、ゲノムの情報が転写されRNAが合成された直後に、スプライシングという加工を受けて、完成されたmRNAとなります。スプライシングとは、mRNAの配列の一部分が切り取られる現象ですが、（といっても、完成形のmRNAになる部分に比べて、…