先日 NHKのある番組で ”チャレンジ”しなきゃはじまらない みたいな意見で終わる番組があった。 ”チャレンジ”という行動を定義せずに、”チャレンジ”を語っているように思えたので、感じたことをまとめてみた。 ”チャレンジする”という言葉が使われるとき、”な…

たくさん書いたけど、単なる書き溜めたつぶやきなので、見逃してください。 ・不要不急の物や活動で経済が成り立っていること。つまり、人にとって、不要不急の物や活動は、生きていく上で必須だったこと。さらに、仕事をすることは生きていく上で大事なこと…

テーマは、「Long read・ロングリード」。 ロングリードのパフォーマンス ロングリードの技術は PacBio RSII 最近の実績は、１CELLで800Mbp以上は普通に読めます。1Gbp前後読めている場合がほとんどです。バクテリアのゲノム長が4Mbpとすると、200倍読めてい…

明日から、日本プロテオーム学会に出展します。会期は、２０１４年６月１７日から２日間、つくばの国際会議場で行われます、 https://unit.aist.go.jp/gtrc/jhupo2014/index.html ６年ぶりの出展になります。展示のメインの商品は、KMデータ株式会社様のKeyM…

昨日、MidnightBioTVの再放送を行いました。再放送ですから自分で見て聞くことができました。わたしのプレゼン内容はまだまだ未熟だなと感じ、Keymolnetは、やはり単にデータをコレクションしただけではなく、候補蛋白質を考察するための至宝のツールだと改…

[次世代シーケンサ]コンピュータの専門家を必要としない データ解析システムとは ここ１年半、わたしどもは、”コンピュータの専門家を必要としない データ解析システム”を提供する取組を行ってきました。この取組が少しまとまってきましたので、取り組みの基…

シングルセルに関する発現解析が進む中、HiCEPの測定結果を日々見ていると、細胞と組織と発現プロファイルについて妄想が大きくふくらんでおります。そこで、ここに書き留めておくことにしました。 HiCEP（Hign Coverage Expression Profiling）法は、低発現…

網羅的転写産物発現プロファイリング法であるHiCEP（Hign Coverage Expression Profiling）の第２回目セミナーをやっと開催することになりました。第１回を開催してから２年少したってしまいました。 HiCEP法は、高精度遺伝子発現解析手法で、極低発現遺伝子…

バイオテクノロジー分野を中心に活動されている志の高き方々をおよびして、夜な夜なダダモレ状態で語り合います。日ごろのお付き合いの中ではなかなか言えない国の政策の問題点や解決アイデア、技術や研究に対する本音の評価、就職や雇用やキャリアパスに関…

技術力の定義は、ずっと難しいと思ってきました。しかし、数年前にテレビを見ていたら、ある会社の会長さんが、「高い技術力とは、顧客の望むものを、顧客の望む価格で、顧客の望むタイミングで提供できることである」といっていて、それがわたしにはストー…

以前、「予想どおりに不合理―行動経済学が明かす「あなたがそれを選ぶわけ」という本を読んで、確信したことがあるのでメモしておきます。 結論からいいますと、”報酬はお礼の印し”だということです。この概念は、モノを売って得る収入にも、労働して得る報…

転写産物の網羅的発現プロファイル取る方法といえば、一般的にはDNAマイクロアレイであり、また、サンプル間で発現量の異なる転写産物を得る方法としては、ディファレンシャル・ディスプレーやサブトラクションがあるようです。 初期のころ（2002年ごろから…

もし、正確に網羅的転写産物の発現プロファイルを取ることができたとしたら、実験計画としてはなにを考えれば良いのだろうか。 候補を絞るためにどのような実験を行うのか？ 発現プロファイルは正確に取れるのだから、結果変動遺伝子群の中に、現象に関連し…

網羅的転写産物発現プロファイリング法であるHiCEP（Hign Coverage Expression Profiling）のセミナーを開催することになりました。HiCEPに関わって10年、やっとユーザのみなさんにご発表いただける状況になったのだなと感無量です。 HiCEP法は、ゲノムやcDN…

こんな話をブログに書くのも恥ずかしいのですが、わたしたちは、なぜ会社や新しい事業を始めるときに、最初から、当然、当たり前のように、意識することもなく、市場を”世界”と思わなかったのかと、大きな反省をしています。 なぜ市場を世界中としなければな…

「夫婦茶碗」と「ペアルック」は、良く似ています。が、ちょっと違いますね。「夫婦茶碗」は、作者がカタチを意識して作られたもので、「ペアルック」はそれを”着る”ひとがカタチをイメージしているわけで、作る側はペアルックを意識しているわけではないこ…

夫婦茶碗（みようとじゃわん）のお話です。 同じようなデザインで、ちょっと大きめと小さめの茶碗がセットになっているやつです。（最近はお店で売ってない？）”夫婦茶碗”という名称をつけると、茶碗２個セットに”夫婦”という「カタチ」が現れるようになるか…

我々のような”物つくり”としてプログラミングを生業とするものにとって、ソフトウエアにおける「カタチ」は重要ですが、多くのプログラマには明確に意識はされていないようです。わたしがどれだけ正しくこれを語れるのかわかりませんが、考え続けていきたい…

某大学医学部の先生から、ここのところ立て続けに次世代で病気と関連するSNPを見つけたという論文が出ているとの情報をいただきましたので、ちょっとPubmedを（exome sequencing)というキーワードで検索してみたところ、34の論文(内７月と８月１２報）が出て…

広島大学東広島キャンパスで、2010年5月29日土曜日から30日日曜日まで行われている第１３回マリンバイオテクノロジー学会に企業展示しました。 マリンバイオは、一昨年の京都大学で行われた第１１回から企業展示ははじめて３回目の出展です。コンパクトの学…

Long read と Short read では、使い道が異なります。 Long read の適用分野 Roche社のGSシリーズは、400bases読める（今年の秋には700baseになるそうな）のでLong readと呼ばれています。旧来のサンガー法で読まれた配列もLong read という分類に入るのでし…

次世代シーケンサのハード面での比較表と作ってみました。インターネットをあさって探したので間違いがあるかもしれません。リード長は最大（short read の場合はpaored-endで読んだ場合）の長さを示してます。行で矛盾があるかもしれません。修正・追加して…

先日、会社のみんなと会議スペースでビールを飲んでいるときに、会社設立当社から約12年間携わったNTTの研究所の仕事の思い出話になりました。このシステム、開発開始から２５年以上たっているのにもかかわらず、いまでも利用されています。いまでいうところ…

次世代シーケンサのデータ解析のポイントをまとめて、会社のホームページにアップしました。次世代シークエンサーデータ解析のポイント | 株式会社メイズ 次世代シークエンサがもたらすもの -スクリーニング手法（三次解析）の重要性- 次世代シークエンサに…

先週、NCBIのサイトがリニューアルしたようです。すべてを確認したわけではありませんが、新しい機能が付け加わったというよりも、ユーザインタフェースを”改善？”する目的で実施されてようにも見えます。HPとPubmedのデザインは一新されましたが、それ以外…

テレビでも報道されているように、一夜にしてミツバチが大量に失踪する原因不明の現象−蜂群崩壊症候群（ほうぐんほうかいしょうこうぐん、Colony Collapse Disorder、CCD）−が、世界中で問題となっています。 蜂群崩壊症候群 - Wikipedia この話題について、…

プロテオームの学会で、あえて、網羅的転写産物プロファリング法であるHiCEPをアピールしてみました。思っていた以上に、発現解析をやっている方がおられたことに驚きました。質量分析で網羅的にプロファイリングをするのは難しいので、転写産物のプロファイ…

2009年7月22日〜24日まで、横浜パシフィコで開かれるバイオフューエルワールド2009に出展しています。 http://www.biofuels.co.jp/2009/ 今年で２回目、昨年に比べると、かなりバイオ燃料ビジネスが回りはじめているように思えました。ヤトロファの作付面積…

わたしどもが取り組んでいる「AnnotationCollector アノテーションコレクタ」の無料サイトがOpenしました。是非、みなさんで使ってみてください。 AnnotationCollector アノテーションコレクタ | 株式会社メイズ アノテーションを集めるのはたいへんな作業じ…

すでに、みなさんご存知かもしれませんが、次世代シーケンサの掲示板がたっていました。次世代シーケンサの情報や次世代シーケンサのデータ解析に関する情報を得るために利用しています。 SEQanswers ニッチな領域にもかかわらず、広告の量からするとそれな…