FGFR1とLETM2の遺伝子の重なり
FGFR1とLETM2よく見てみると、オーバーローカスOverLocusしていませんでした。（本当にオーバーローカスしていない？？）
図１は、FGFR1とLETM2のゲノムマップを引いて見たものです。FGFR1とLETM2は、転写されるゲノムのストランドが逆で、一見、転写産物の3'側どおしがOverLocusしているように見えます。しかしながら、赤枠の部分を拡大して、図２のように塩基配列までよって見ると、ゲノム上のある位置で両側にわかれています。両方の遺伝子とも、そこからさらに、エクソンが飛んで存在しているように見えますが、おそらく配列の終端部分の品質のよくない部分が飛んでマップされたのだと思います。ですので、確実にオーバーローカスしているという確証は得られていないと思います。
ところで、この遺伝子の境界領域のゲノムには、FGFR1側から見ると（A)rich（LETM2から見ると(T)richな領域があります。また、図１でもおわかりのように、FGFR1もLETM2も両方の3'側の領域は、へんてこな転写産物がいくつか存在しています。
図１：FGFR１とLETM2のゲノムマップを引いた見た図
図２：FGFR1とLETM2の境界線を塩基配列が見えるところまでズームした図
周辺のおもしろい配列・・・
ひとつおもしろいなと思うのは、図１の青の枠でかこんである転写物群（サブクラスタSubcluster番号#11と#7）です。この転写配列群（図３が各転写配列のゲノムマップの様子）は、UniGeneでは、LETM2のクラスタに分類していますが、図３で示すように、登録配列の方向とは逆*1にマップされているものもあることから、ひょっとするとこのサブクラスタには、FGFR1のアンチセンスとして転写されているnon-codingRNAとFGFR1の3'側の配列が混在しているのかもしれません。
登録されているESTの配列が増えてきて、変な転写産物にも厚みがでてきて、リアリティがあがっているのが興味深いです。
