プロテオームの領域での役割を考えてみました。

　明日から、日本プロテオーム学会に出展します。会期は、２０１４年６月１７日から２日間、つくばの国際会議場で行われます、
　https://unit.aist.go.jp/gtrc/jhupo2014/index.html
　６年ぶりの出展になります。展示のメインの商品は、KMデータ株式会社様のKeyMolnetです。
　もうひとつの目的は、プロテオームの領域での市場調査です。質量分析機器の精度があがり、また、種々課題を乗り越える努力をされた結果、定量的発現解析が可能になってきたことをいろいろな先生からお聞きしていました。その状況で、核酸配列やヴァリアント情報を扱う我々がお役に立つことができるのかを学会に展示することで調査してみたいと考えております。

過去の製品は今もニーズがあるのか？

　以前、質量分析での同定精度をあげるための商品を２点開発して販売していましたが、売れ行きがいまいちなので、営業を止めていました。しかしながら、我々の商品に興味を持っていただいて、ときどき問い合わせをいただくこともあります。これらは、今、プロテオームを行っておられる研究者の方に、どのように捉えられるのでしょう。もうすでに、だれかがなんらかの方法で対応しているのでしょうか？楽しみです。

Sequece Composer バリアントアミノ酸配列作成プログラム

UniProtに格納されているバリアント情報をもとに、各遺伝子ごとのアイソフォーム作成や１アミノ酸置換、シグナルペプチドの除去などの加工を行ったアミノ酸配列を生成します。また、アミノ酸配列ビューアを搭載していて、変異位置を提示することはもちろん、修飾情報も提示します。
http://www.maze.co.jp/bio/proteome/143.html

Human-PERFECT/Mammalian-PERFECT 未知蛋白質を同定するためのEST配列を含む転写配列セット

　NCBI-nrから、ヒト・マウス・ラットのアミノ酸配列だけを抜き出した配列群、EST配列をアセンブルして得られたコンセンサス配列群、さらに、コンセンサス配列をゲノム配列のアライメントしてゲノム配列を切り出してEST配列の精度をあげたGenome refined consensus配列群で構成されています。
http://www.maze.co.jp/bio/proteome/132.html

KeyMolnetはプロテオームの分野でどのように販売すれば良いのか？

　KeyMolnetという商品は、ヒトが日々論文を読み、論文に記述されている”確かな”２つの蛋白質の関係、及び、それぞれの蛋白質の関連情報（疾患、病態、パスウエイ、シグナル伝達経路等）を蓄積しているデータベースであり、それを参照するソフトウエアです。我々は、約２年間、この商品の販売を手掛けておりますが、核酸を扱う研究者の方へのアプローチでは、手ごたえを感じております。KeyMolnetは、網羅的解析を行って、得られらた候補から意味解釈しながら実証実験にもっていく候補遺伝子を選ぶためのツールです。プロテオームの世界で、網羅的候補探索はどのように行われ、そこで意味の解釈を行いながら候補を絞り込むという場面で、どのようなニーズがあるのかを調査したいと考えています。