FGFR1にクラスタリングされている転写産物をゲノムにマップし、転写産物の種類ごとに、5'端と”思われる”箇所に、赤い縦線を引いてみました。(図１）

クラスタ数等、大きな変化はなかったようですが、

UniGeneへの登録配列数は、約350ほど増えており、それほどドラスティックな配列の増加ではありませんでした。

2006.12.20 dbESTが更新されたことを発見しました。 dbEST release 121506 - December 15, 2006 Number of public entries: 40,227,012 UniGene Mouse,Rat,Dog,Rice が更新されました。 dbESTが release 111706 - November 17, 2006 にビルドアップされまし…

昨日は、結局転写配列に関する現場の問題点を明らかにするだけで、ひとつひとつの問題に対する解決案も示さずに、終わってしまいました。今日は、プロテオームについて、わたしたちが現場の先生からお聞きしている問題点をいくつかご紹介します。

わたしは、実際に試験管を振るわけではないので、バイオテクノロジの現場で本当になにが問題になっているのかを知ることはできません。しかしながら、バイオテクノロジーの分野にコンピュータ技術でサービスを提供していく我々は、蓄積されて公開されている…

LETM2のサブクラスタ#7について、(A)richな部分があるかどうか調べてみました。1箇所確かに(A)richな部分があり、そこからcDNA合成が始まったように見える配列もありましたが、その領域をまたいでさらに3'方向に伸びているBF196953があり、そのゲノムアライ…

(A)richでしたが・・・ 里山さんのコメントに従って、FFGFR1とLETM2の境界領域の変な転写産物クラスタのゲノム領域が(A)richではないかどうか確かめてみました。(A)richでした。で、この領域の転写配列は、コンタミしたゲノム配列を(A)richな領域から逆転写…

先々週、先週とあまりTVも見ずに、仕事一筋だったわたしは、ノーベル賞を誰がもらったかも、はっきりと知らずに、すごしてしまったので、この３連休は、ゆっくりノーベル賞特集があるだろうと思って楽しみにしていたのですが、まったく、ノーベル賞の話題に…

第2回オミックス医療シンポジウム／第3回ゲノム医療情報シンポジウム 横浜まで湘南新宿ラインで３０分弱、便利になりました。横浜パシフィコのアネックスで開かれていたのですが、なかなか盛況でした。一昨日、non-codingRNAのセミナーにいってきて、RNAワー…

先日の「non-codingRNAの機能解析とその応用」というセミナーで、簡単に紹介されていた”microRNAが５万７千ある”という話の出所の論文は、これかもしれません。 PNAS | April 25, 2006 | vol. 103 | no. 17 | 6605-6610

日時：2006年10月3日 場所：全共連ビル本館（４F） 主催：ダイアローグ株式会社 多種類のmicroRNAが発現し、細胞内のルームキーピングの役割を果たしている いくつかの発表に中で、もっとも感動したのは、microRNAの数の話でした。わたしの理解が間違ってい…

遺伝子というのは、なんらかの形質を子孫に伝えるための基となる１要素情報が塩基の並びとしてコードされているゲノム上の領域を指していると、わたしは考えています。簡単にいうと、ひとつの蛋白質のアミノ酸配列情報が格納されているDNA上の塩基配列領域と…

FGFR1とLETM2よく見てみると、オーバーローカスOverLocusしていませんでした。（本当にオーバーローカスしていない？？）