FGFR1のすぐ横にあるLETM2のエキソンイントロンレス転写産物群 - 転写産物をクラスタリングして見えてくるもの

LETM2のサブクラスタ#7について、(A)richな部分があるかどうか調べてみました。1箇所確かに(A)richな部分があり、そこからcDNA合成が始まったように見える配列もありましたが、その領域をまたいでさらに3'方向に伸びているBF196953があり、そのゲノムアライメントの末端を示したのが図１です。
赤いピリオドが３つ表示されています。これは、「AssEST」の機能で、ゲノムマップしたコンセンサス配列が、この赤い点３つの方向にゲノムマップできない領域を持っていることを示しています。そこで、転写配列そのものを見てみることにしました。
　図２は、＃７のサブクラスタを転写配列として見たものです。このツールは、サブクラスタビューアを呼んでいますが、注目している末端には、Poly(A)が着いています。ということは、そのPoly(A)の部分がゲノムマップされなかったということなのです。つまり、転写方向は、ビューアでしめされている通りに、左側5'から右側3'ということになります。
　実は、このゲノムビューアは、FGFR1の転写産物が左側5'→右側3'に方向で表示されているので、LETM2は、逆鎖がわ、つまり、左側3'←右側5'で表示されています。ということは、LETM2のサブクラスタ#7の転写産物は、LETM2から見た場合に、逆鎖側で転写されているということになります。アンチセンスの転写産物？？

図１：FGFR1を左側5'→右側3'に表示するようにした場合のLETM2のサブクラスタ#7の右端

図２：LETM2のサブクラスタ#7のゲノムマップされなかったコンセンサス配列の末端

ちなみに、この#7のコンセンサス配列のNCBI-NR(aa)*1に類似性検索をすると、次のような蛋白質と一部ホモロジーを示します。（BLASTXの結果）
なお、BLASTXのSubject側の#7のコンセンサス配列は、図１、図２で表示している方向とは逆の方向でデータベースに格納されていました。よって、ホモロジーストレッチ内のSubject側の塩基位置を表わす数値が、小さい値から大きな値にかわっていたら図で見せている方向とは逆の方向（LETM2のセンス）で、大きい値から小さな値にかわっていたら図で見せている方向と同じ方向（LETM2のアンチセンス）ですので、お間違えのないように。ややこしくてすみません。

gi|67968590|dbj|BAE00654.1| unnamed protein product [Macaca fascicularis]
          Length = 294

 Score = 51.6 bits (122), Expect(2) = 2e-05
 Identities = 26/34 (76%), Positives = 28/34 (82%)
 Frame = +2

Query: 671 RSIKDYLRMELTLFSFRPSTVASVKDLPDKTVWL 772
           +  KDYLRMELTL SF PSTVASVKDLP KT+ L
Sbjct: 253 KGTKDYLRMELTLSSFGPSTVASVKDLPAKTLCL 286



 Score = 21.6 bits (44), Expect(2) = 2e-05
 Identities = 9/10 (90%), Positives = 9/10 (90%)
 Frame = +1

Query: 763 CLASESGSAV 792
           CLASESGS V
Sbjct: 285 CLASESGSVV 294

このホモロジーストレッチが示すのは、LETM2と同じ方向に、コンセンサス配列の671bpから792bpまでの部分で、カニクイザルの蛋白質と似ている領域を持っているようですね。Queryにしているコンセンサス配列が約1300bpですので、ちょうど真ん中あたりでしょうか。

top
gi|71052104|gb|AAH29541.2| LETM2 protein [Homo sapiens]
          Length = 277

 Score = 40.4 bits (93), Expect = 0.14
 Identities = 20/20 (100%), Positives = 20/20 (100%)
 Frame = +3

Query: 618 TLQAKSQMTAQNSKASSKGA 677
           TLQAKSQMTAQNSKASSKGA
Sbjct: 258 TLQAKSQMTAQNSKASSKGA 277

top
gi|55630546|ref|XP_519714.1| PREDICTED: hypothetical protein XP_519714 
　　　　　　　　　　　　　　　[Pan troglodytes]
          Length = 677

 Score = 40.4 bits (93), Expect = 0.14
 Identities = 20/20 (100%), Positives = 20/20 (100%)
 Frame = +3

Query: 618 TLQAKSQMTAQNSKASSKGA 677
           TLQAKSQMTAQNSKASSKGA
Sbjct: 658 TLQAKSQMTAQNSKASSKGA 677


top
gi|16554186|dbj|BAB71680.1| unnamed protein product [Homo sapiens]
          Length = 396

 Score = 40.4 bits (93), Expect = 0.14
 Identities = 20/20 (100%), Positives = 20/20 (100%)
 Frame = +3

Query: 618 TLQAKSQMTAQNSKASSKGA 677
           TLQAKSQMTAQNSKASSKGA
Sbjct: 377 TLQAKSQMTAQNSKASSKGA 396

このホモロジーストレッチは、LETM2のエクソン部分とオーバーラップしている部分ですので、ヒットするのは、当然といえるでしょう。

top
gi|34539075|gb|AAQ74421.1| type I polyketide synthase extender module 
　　　　　　　　　　　　　　[Mycobacterium ulcerans]
          Length = 1479

 Score = 35.0 bits (79), Expect = 5.8
 Identities = 27/96 (28%), Positives = 43/96 (44%)
 Frame = -2

Query: 1266 DGGVGSSQIFLIASLFLQEASLYPERSYWGVYPSHLIRYFVSRVLILLVDHSES*SGAPK 1087
            D G+ +S  F   SLF  E +L+    +WGV P ++I + V  +    V    S   A K
Sbjct: 428  DEGLLNSTEFAQPSLFAVEVALFALLRFWGVVPDYVIGHSVGELAAAQVAGVLSLQDAAK 487

Query: 1086 MVFGTSKFLLRIPSHRRQVSKVPS*FHCAKNFLSEG 979
            +V    + +  +P+    V+   S  H  +  L EG
Sbjct: 488  LVSARGRLMQALPAGGAMVAVAAS-QHEVEPLLVEG 522


top
gi|38098461|gb|AAR10953.1| mycolactone polyketide synthase 
　　　　　　　　　　　　　　[Mycobacterium ulcerans]
          Length = 293

 Score = 35.0 bits (79), Expect = 5.8
 Identities = 27/96 (28%), Positives = 43/96 (44%)
 Frame = -2

Query: 1266 DGGVGSSQIFLIASLFLQEASLYPERSYWGVYPSHLIRYFVSRVLILLVDHSES*SGAPK 1087
            D G+ +S  F   SLF  E +L+    +WGV P ++I + V  +    V    S   A K
Sbjct: 12   DEGLLNSTEFAQPSLFAVEVALFALLRFWGVVPDYVIGHSVGELAAAQVAGVLSLQDAAK 71

Query: 1086 MVFGTSKFLLRIPSHRRQVSKVPS*FHCAKNFLSEG 979
            +V    + +  +P+    V+   S  H  +  L EG
Sbjct: 72   LVSARGRLMQALPADGAMVAIAAS-QHEVEPLLVEG 106


top
gi|38098454|gb|AAR10950.1| mycolactone polyketide synthase 
　　　　　　　[Mycobacterium ulcerans]
          Length = 1120

 Score = 35.0 bits (79), Expect = 5.8
 Identities = 27/96 (28%), Positives = 43/96 (44%)
 Frame = -2

Query: 1266 DGGVGSSQIFLIASLFLQEASLYPERSYWGVYPSHLIRYFVSRVLILLVDHSES*SGAPK 1087
            D G+ +S  F   SLF  E +L+    +WGV P ++I + V  +    V    S   A K
Sbjct: 317  DEGLLNSTEFAQPSLFAVEVALFALLRFWGVVPDYVIGHSVGELAAAQVAGVLSLQDAAK 376

Query: 1086 MVFGTSKFLLRIPSHRRQVSKVPS*FHCAKNFLSEG 979
            +V    + +  +P+    V+   S  H  +  L EG
Sbjct: 377  LVSARGRLMQALPAGGAMVAVAAS-QHEVEPLLVEG 411


top
gi|49146124|ref|YP_025562.1| Type I modular polyketide synthase 
　　　　　[Mycobacterium ulcerans]
          Length = 16990

 Score = 35.0 bits (79), Expect = 5.8
 Identities = 27/96 (28%), Positives = 43/96 (44%)
 Frame = -2

Query: 1266  DGGVGSSQIFLIASLFLQEASLYPERSYWGVYPSHLIRYFVSRVLILLVDHSES*SGAPK 1087
             D G+ +S  F   SLF  E +L+    +WGV P ++I + V  +    V    S   A K
Sbjct: 10255 DEGLLNSTEFAQPSLFAVEVALFALLRFWGVVPDYVIGHSVGELAAAQVAGVLSLQDAAK 10314

Query: 1086  MVFGTSKFLLRIPSHRRQVSKVPS*FHCAKNFLSEG 979
             +V    + +  +P+    V+   S  H  +  L EG
Sbjct: 10315 LVSARGRLMQALPAGGAMVAVAAS-QHEVEPLLVEG 10349


top
gi|49146116|ref|YP_025554.1| Type I modular polyketide synthase 
　　　　　[Mycobacterium ulcerans]
          Length = 14130

 Score = 35.0 bits (79), Expect = 5.8
 Identities = 27/96 (28%), Positives = 43/96 (44%)
 Frame = -2

Query: 1266 DGGVGSSQIFLIASLFLQEASLYPERSYWGVYPSHLIRYFVSRVLILLVDHSES*SGAPK 1087
            D G+ +S  F   SLF  E +L+    +WGV P ++I + V  +    V    S   A K
Sbjct: 3949 DEGLLNSTEFAQPSLFAVEVALFALLRFWGVVPDYVIGHSVGELAAAQVAGVLSLQDAAK 4008

Query: 1086 MVFGTSKFLLRIPSHRRQVSKVPS*FHCAKNFLSEG 979
            +V    + +  +P+    V+   S  H  +  L EG
Sbjct: 4009 LVSARGRLMQALPAGGAMVAVAAS-QHEVEPLLVEG 4043



 Score = 35.0 bits (79), Expect = 5.8
 Identities = 27/96 (28%), Positives = 43/96 (44%)
 Frame = -2

Query: 1266 DGGVGSSQIFLIASLFLQEASLYPERSYWGVYPSHLIRYFVSRVLILLVDHSES*SGAPK 1087
            D G+ +S  F   SLF  E +L+    +WGV P ++I + V  +    V    S   A K
Sbjct: 2410 DEGLLNSTEFAQPSLFAVEVALFALLRFWGVVPDYVIGHSVGELAAAQVAGVLSLQDAAK 2469

Query: 1086 MVFGTSKFLLRIPSHRRQVSKVPS*FHCAKNFLSEG 979
            +V    + +  +P+    V+   S  H  +  L EG
Sbjct: 2470 LVSARGRLMQALPAGGAMVAVAAS-QHEVEPLLVEG 2504


top
gi|40850624|gb|AAR96027.1| mycolactone polyketide synthase 
　　　　　[Mycobacterium ulcerans]
          Length = 274

 Score = 35.0 bits (79), Expect = 5.8
 Identities = 27/96 (28%), Positives = 43/96 (44%)
 Frame = -2

Query: 1266 DGGVGSSQIFLIASLFLQEASLYPERSYWGVYPSHLIRYFVSRVLILLVDHSES*SGAPK 1087
            D G+ +S  F   SLF  E +L+    +WGV P ++I + V  +    V    S   A K
Sbjct: 77   DEGLLNSTEFAQPSLFAVEVALFALLRFWGVVPDYVIGHSVGELAAAQVAGVLSLQDAAK 136

Query: 1086 MVFGTSKFLLRIPSHRRQVSKVPS*FHCAKNFLSEG 979
            +V    + +  +P+    V+   S  H  +  L EG
Sbjct: 137  LVSARGRLMQALPAGGAMVAVAAS-QHEVEPLLVEG 171


top
gi|40850618|gb|AAR96024.1| mycolactone polyketide synthase 
　　　　　[Mycobacterium ulcerans]
          Length = 299

 Score = 35.0 bits (79), Expect = 5.8
 Identities = 27/96 (28%), Positives = 43/96 (44%)
 Frame = -2

Query: 1266 DGGVGSSQIFLIASLFLQEASLYPERSYWGVYPSHLIRYFVSRVLILLVDHSES*SGAPK 1087
            D G+ +S  F   SLF  E +L+    +WGV P ++I + V  +    V    S   A K
Sbjct: 77   DEGLLNSTEFAQPSLFAVEVALFALLRFWGVVPDYVIGHSVGELAAAQVAGVLSLQDAAK 136

Query: 1086 MVFGTSKFLLRIPSHRRQVSKVPS*FHCAKNFLSEG 979
            +V    + +  +P+    V+   S  H  +  L EG
Sbjct: 137  LVSARGRLMQALPAGGAMVAVAAS-QHEVEPLLVEG 171


top
gi|40850610|gb|AAR96020.1| mycolactone polyketide synthase 
　　　　　　[Mycobacterium ulcerans]
          Length = 438

 Score = 35.0 bits (79), Expect = 5.8
 Identities = 27/96 (28%), Positives = 43/96 (44%)
 Frame = -2

Query: 1266 DGGVGSSQIFLIASLFLQEASLYPERSYWGVYPSHLIRYFVSRVLILLVDHSES*SGAPK 1087
            D G+ +S  F   SLF  E +L+    +WGV P ++I + V  +    V    S   A K
Sbjct: 68   DEGLLNSTEFAQPSLFAVEVALFALLRFWGVVPDYVIGHSVGELAAAQVAGVLSLQDAAK 127

Query: 1086 MVFGTSKFLLRIPSHRRQVSKVPS*FHCAKNFLSEG 979
            +V    + +  +P+    V+   S  H  +  L EG
Sbjct: 128  LVSARGRLMQALPAGGAMVAVAAS-QHEVEPLLVEG 162


top
gi|40850608|gb|AAR96019.1| mycolactone polyketide synthase 
　　　　　[Mycobacterium ulcerans]
          Length = 239

 Score = 35.0 bits (79), Expect = 5.8
 Identities = 27/96 (28%), Positives = 43/96 (44%)
 Frame = -2

Query: 1266 DGGVGSSQIFLIASLFLQEASLYPERSYWGVYPSHLIRYFVSRVLILLVDHSES*SGAPK 1087
            D G+ +S  F   SLF  E +L+    +WGV P ++I + V  +    V    S   A K
Sbjct: 61   DEGLLNSTEFAQPSLFAVEVALFALLRFWGVVPDYVIGHSVGELAAAQVAGVLSLQDAAK 120

Query: 1086 MVFGTSKFLLRIPSHRRQVSKVPS*FHCAKNFLSEG 979
            +V    + +  +P+    V+   S  H  +  L EG
Sbjct: 121  LVSARGRLMQALPAGGAMVAVAAS-QHEVEPLLVEG 155


top
gi|2058407|gb|AAB53250.1| early phosphoprotein p50
          Length = 423

 Score = 34.7 bits (78), Expect = 7.5
 Identities = 18/33 (54%), Positives = 20/33 (60%), Gaps = 1/33 (3%)
 Frame = -2

Query: 369 GPQEPLPTSTL-PQPPHCLLSSCPVLLPQIPSP 274
           GP +  P   L PQ PH   SS PVL PQ+PSP
Sbjct: 365 GPPQLSPQPALAPQQPHVRHSSPPVLYPQVPSP 397

図１でいうと、このサブクラスタのさらにFGFR1に近い領域で、[Mycobacterium ulcerans]の蛋白質と類似している領域が存在しているようです。

top
gi|67971100|dbj|BAE01892.1| unnamed protein product [Macaca fascicularis]
          Length = 623

 Score = 34.3 bits (77), Expect = 9.8
 Identities = 24/76 (31%), Positives = 29/76 (38%), Gaps = 21/76 (27%)
 Frame = -2

Query: 420 LPHLCTS*ILCPASHVFGPQEP--------------LPTSTLPQPPHCLLSSCPVLLPQI 283
           LPH C     CP   +  PQEP              L    +P P H L  SC  +LP +
Sbjct: 544 LPHPC-----CPGQSLGTPQEPTFSPHPCPHPDLAFLLCPFVPSPGHALEPSCCHILPLL 598

Query: 282 -------PSPNWENWM 256
                  P P WE W+
Sbjct: 599 SWCSNSSPGPLWEAWL 614

このホモロジーストレッチは、Poly(A)を確認できるBF196953の部分で、LETM2とはアンチセンスの方向で、カニクイザルの蛋白質と似ている領域が存在しています。塩基位置420のさらに5'より450bp付近にメチオニンがあります。（図３）

図３：LETM2のサブクラスタ#7のBF196953のORFと思われる領域

・LETM2の遺伝子領域の真っ只中にアンチセンス側にORFが存在している？のでしょうか？？？
・アンチエンス側に２箇所ORFを持つ転写産物がある？？？

うーーむ
うーーーーむ
うーーーーーーーむ

*1:NR-aaとは、NCBIが作成している全生物種の既知蛋白質のnon-redundantなアミノ酸配列データベースです