１年もブランクを作ってしまうとは思ってもいませんでした。ずっと懲りずに、気にしていただいていた読者の方がいらっしゃったら、お詫び申し上げます。調査も終わってしまうとそれほと時間をかけたとも思えず、ただただ反省するばかりです。１年をかけてや…

転写産物の数 下記の４つのデータベースについて、FGFR1の転写産物や蛋白質の種類を調べてみました。 Dataase Transcripts Proteins NCBI Gene 7 6 NCBI Aceview 25 26 Uniprot - 18 H-Inv H-DBAS 7 - このように、DBによって随分と異なります。Uniprot（Swi…

FGFR1にクラスタリングされている転写産物をゲノムにマップし、転写産物の種類ごとに、5'端と”思われる”箇所に、赤い縦線を引いてみました。(図１）

(A)richでしたが・・・ 里山さんのコメントに従って、FFGFR1とLETM2の境界領域の変な転写産物クラスタのゲノム領域が(A)richではないかどうか確かめてみました。(A)richでした。で、この領域の転写配列は、コンタミしたゲノム配列を(A)richな領域から逆転写…

遺伝子というのは、なんらかの形質を子孫に伝えるための基となる１要素情報が塩基の並びとしてコードされているゲノム上の領域を指していると、わたしは考えています。簡単にいうと、ひとつの蛋白質のアミノ酸配列情報が格納されているDNA上の塩基配列領域と…

FGFR1とLETM2よく見てみると、オーバーローカスOverLocusしていませんでした。（本当にオーバーローカスしていない？？）

動物や植物などのmRNAは、ゲノムの情報が転写されRNAが合成された直後に、スプライシングという加工を受けて、完成されたmRNAとなります。スプライシングとは、mRNAの配列の一部分が切り取られる現象ですが、（といっても、完成形のmRNAになる部分に比べて、…

図1は、FGFR1の5'側のゲノムマップの様子を示しています。この図では、FGFR1のサブクラスタ52クラスタの内、エキソン−イントロン構造を持つ比較的長いコンセンサス配列のみ表示するようにしてみました。

蛋白質をコードしているmRNA（メッセンジャーRNA）のイントロンにあたるゲノム上の領域にマップされる転写配列は、数多く存在しています。ブログ初回にご紹介するのは、図でもわかるように、転写産物に多くのスプライシングバリアントが見られる遺伝子FGFR1*…