Splicing variant

 UniProtにないIsoformが、NCBI-nrに存在するか?

1年もブランクを作ってしまうとは思ってもいませんでした。ずっと懲りずに、気にしていただいていた読者の方がいらっしゃったら、お詫び申し上げます。調査も終わってしまうとそれほと時間をかけたとも思えず、ただただ反省するばかりです。1年をかけてや…

 同じ遺伝子の転写産物がデータベースごとにどのように違うのか調べてみました

転写産物の数 下記の4つのデータベースについて、FGFR1の転写産物や蛋白質の種類を調べてみました。 Dataase Transcripts Proteins NCBI Gene 7 6 NCBI Aceview 25 26 Uniprot - 18 H-Inv H-DBAS 7 - このように、DBによって随分と異なります。Uniprot(Swi…

動物や植物などのmRNAは、ゲノムの情報が転写されRNAが合成された直後に、スプライシングという加工を受けて、完成されたmRNAとなります。スプライシングとは、mRNAの配列の一部分が切り取られる現象ですが、(といっても、完成形のmRNAになる部分に比べて、…

転写開始点付近の小さなスプライシング?

図1は、FGFR1の5'側のゲノムマップの様子を示しています。この図では、FGFR1のサブクラスタ52クラスタの内、エキソン−イントロン構造を持つ比較的長いコンセンサス配列のみ表示するようにしてみました。