次世代シーケンサのデータを解析する仕事が少しづつ増えてきました。確かに、次世代シーケンサのデータ量は半端ではありませんが、最近わたしの家庭に５００GbyteのUSBハードディスクが登場したことを考えると１０Gbyte程度のデータに驚くことはないようにも…
１年もブランクを作ってしまうとは思ってもいませんでした。ずっと懲りずに、気にしていただいていた読者の方がいらっしゃったら、お詫び申し上げます。調査も終わってしまうとそれほと時間をかけたとも思えず、ただただ反省するばかりです。１年をかけてや…
ASMS（American Society for Mass Spectrometry）は、アメリカ合衆国の質量分析学会ですが、今年も、多くの国籍を持ったひとが参加されていました。会期は、６月２日から６月７日まででした。 学会の行われたところは、コロラド州の州都であるデンバーにある…
転写産物の数 下記の４つのデータベースについて、FGFR1の転写産物や蛋白質の種類を調べてみました。 Dataase Transcripts Proteins NCBI Gene 7 6 NCBI Aceview 25 26 Uniprot - 18 H-Inv H-DBAS 7 - このように、DBによって随分と異なります。Uniprot（Swi…
「最近、転写配列の旅してないんじゃないのぉーー」と自分を責めながらも、「遺伝子研究しているひとがよく行く場所のおいしいお店情報もいいんじゃないのぉーー」と正当化しつつ、こういう話題も書き留めるようにしたいと思います。 「つくば」へのアクセス…
すでにみなさんはご存知だと思いますが、米国で走っているENCODE：(Encyclopedia of DNA Elements)（エンコード）プロジェクトの論文がnature「Identification and analysis of functional elements in 1% of the human genome by the ENCODE pilot project …
今日（2007年7月23日）の朝日新聞の科学面に、メタゲノム解析が大きくとりあげられていました。研究されている細菌は、約5000種で、その数は、地球上の全細菌の約１％にも満たないと書いてあります。わたしがバイオテクノロジーの分野の仕事をはじめたとき、…
ASMS（American Society for Mass Spectrometry）は、アメリカ合衆国の質量分析学会ですが、その年会は、まるで国際学会のようで、多くの国籍を持ったひとが参加されていました。会期は、６月２日から６月７日まででした。学会の行われたところは、インデア…
ソフトウエアには、”種類”があります。また、適用業務も千差万別です。ですので、優秀なプログラマであっても、どんなプログラムでも作ってしまうことができるわけではありません。 たとえば、「ユーザインタフェース」を「Javaのswingを使って作る」のが得…
蛋白質の質量分析の研究作業を効率化するアイデアをカタチにする取り組みを行っているのですが、その成果をみなさんに利用していただくサイトを立ち上げました。サイトのタイトルは、「Proteomics, next move」というたいそうなもので、プログラマの集団には…
「バイオインフォマティクス（bioinfomatics）」という言葉の定義について、最近は、議論するひとが少なくなったようです。わたしたちソフト屋が生物学の分野でお仕事させていただくとき、一言で我々のポジションを言い表わすことができるという意味では、随…
コンピュータのソフトウエア開発という仕事が、「どういう仕事であるのか」なんて考えながら、プログラムの開発に携わっている方は、どのくらいいらっしゃるのでしょう。技術者側は、多かれ少なかれ、なにがしかの意識を持っておられるでしょうが、発注する…
ブログさぼっている間に、dbESTが更新されました。dbEST release 121506 Summary by Organism - December 15, 2006 Number of public entries: 40,227,012激しい３位争いを制した生物種は、今回は、Bos taurus (cattle)。前回は、Riceだったのになぁーー。デ…
病原微生物のNocardia brasiliensis （ノカルジア ブラシリエンス）が生産する天然化合物「ブラシリカルジンA」という物質は、臓器移植の際の免疫抑制剤として、すでに使用されているものよりも、低濃度で免疫拒絶反応の初期段階をおさえるという報告がある…
MouseもRatも、配列数やクラスタ数に大きな変化はみられませんでした。特徴的なのは、マウスはクラスタがわずかではあるけれど、減少方向に向かっていること。Ratは、おそらく計算間違っているのではないかと思いますが、クラスタが３万も増えているというこ…
この交流会は、「ちゅうごく産業創造センター」と「中国地域バイオ産業推進協議会」及び「中国地域産業クラスターフォーラム」の協賛で開かれたもので、今回のテーマは、医工連携がテーマのようでした。広島大学と岡山大学の先生が数名お話をされました。わ…
ちょっと目を離している間に、dbESTのサマリーが更新されていました。３位争いは、RiceとMaizeの激しい戦いが続いています。牛もかなりきてますね。dbEST release 111006 Summary by Organism - November 10, 2006 Number of public entries: 39,790,429蓄積…
中国地域バイオ産業推進協議会と中国経済産業局が中心となって組織された「中国地域産業クラスターフォーラム」との共済で、中国地方でのバイオ研究の取り組みのご紹介をしていただく交流会のようです。以前から、広島大学の先生や中国経済産業局等々、お世…
日本分子生物学会２００６フォーラム「分子生物の未来」に企業展示します。もし、フォーラムに参加されるようでしたら、是非、ブースにお立ち寄りください。わたしも立っていると思います。また、ブログの記事も、展示会までには、日々の実験をスムーズに進…
では、もっともメジャーなABO遺伝子の転写物クラスタであるクラスタ番号#9の様子を見てみましょう。（図２）
ABO遺伝子のゲノムマップ状態をみてみました。（図１）
まずは、肥満遺伝子の定義ですが、宇都宮大学の農学部のページに簡単に解説されていました。http://agri.mine.utsunomiya-u.ac.jp/hpj/deptj/anij/animal/TOPICS/!OBGENE.HTM「肥満遺伝子とは、肥満を起こす遺伝子ではなく、肥満を防ぐ遺伝子」であり「肥満…
11月1日の日経産業新聞に、中外製薬がトポイソメラーゼⅠという酵素の阻害剤を抗がん剤として開発し、英国で治験に入ったという記事が掲載されていました。すでに既存のトポイソメラーザⅠの阻害剤が抗がん剤として世に出回っているのですが、それよりも、中外…
平成１８年１０月２７日（金）に、安倍総理を迎えて、第６０回の総合科学技術会議が開かれました。この総合科学技術会議では、平成１９年度の科学技術に関する重点課題と予算配分の方向性が決定されました。また、独立行政法人、国立大学法人の評価データも…
FGFR1にクラスタリングされている転写産物をゲノムにマップし、転写産物の種類ごとに、5'端と”思われる”箇所に、赤い縦線を引いてみました。(図１）
クラスタ数等、大きな変化はなかったようですが、
UniGeneへの登録配列数は、約350ほど増えており、それほどドラスティックな配列の増加ではありませんでした。
2006.12.20 dbESTが更新されたことを発見しました。 dbEST release 121506 - December 15, 2006 Number of public entries: 40,227,012 UniGene Mouse,Rat,Dog,Rice が更新されました。 dbESTが release 111706 - November 17, 2006 にビルドアップされまし…
昨日は、結局転写配列に関する現場の問題点を明らかにするだけで、ひとつひとつの問題に対する解決案も示さずに、終わってしまいました。今日は、プロテオームについて、わたしたちが現場の先生からお聞きしている問題点をいくつかご紹介します。
